Da Genova trasporta un carico di valore a Civitavecchia. Presso l’isola d’Elba viene intercettato e fatto prigioniero da una galeotta di Arouj Barbarossa.

E’ nominato priore di Firenze. Ricoprirà il medesimo incarico anche nel 1512 e nel 1523.

Coopera con i pontifici a restaurare in Firenze la signoria dei Medici. Dopo il sacco di Prato da parte degli imperiali con Gianfrancesco degli Albizzi decide di ribellarsi al gonfaloniere della repubblica Giovanbattista Soderini. A fine mese si porta con altri congiurati nella camera del gonfaloniere e minaccia di ucciderlo nel caso in cui quest’ultimo non lasci immediatamente Firenze. Giovanbattista Soderini dà le dimissioni dal suo incarico e Paolo Vettori lo scorta nel senese con un salvacondotto pontificio.

Ottiene dal papa Leone X il comando della flotta ecclesiastica al posto di Baldassarre di Biassa. Viene inviato dal pontefice a Torino con Giuliano dei Medici che vi si deve sposare con Filiberta di Savoia.

Ha ai suoi ordini diretti 3 galee e 2 brigantini con i quali sorveglia nel Tirreno i lidi laziali.

Sempre contro  Curtogoli: incrocia con 3 galee e 2 brigantini; altre 4 galee pontificie agiscono agli ordini di Giovanni e di Antonio di Biassa; 4 genovesi sotto Andrea Doria ed altre 4, sempre di Genova, appartengono a privati della città. Paolo Vettori collabora anche con Prégeant de Bidoux che ha a sua disposizione 6 galee e  3 galeoni francesi. Il comando della spedizione è affidato all’arcivescovo di Salerno Federico Fregoso. Paolo vettori irrompe nel porto di Biserta (Banzart), ne saccheggia gli immediati dintorni e dà alle fiamme alcune fuste di Curtogoli; naviga, ancora, lungo la costa tunisina; getta l’ancora e spinge 3 barche armate nello stagno di Tunisi. Queste, nonostante il tiro dell’artiglieria proveniente dalla torre posta a difesa del porto di La Goletta, riescono ad entrare nel canale e prendono a rimorchio una galea conquistata ai genovesi da Curtogoli l’anno precedente. Indi Paolo Vettori costeggia il litorale maghrebino dalle Conigliere alle secche di Kerkenna ed all’ isola di Gerbe (Djerba). Sono incendiate navi nemiche e depredate varie località.

Prende il mare e sorveglia le coste laziali dal Monte Circeo al Monte Argentario. Viene investito dai fiorentini del marchesato della Gorgona.

Naviga nel Tirreno al largo della Toscana. Si getta all’inseguimento di 2 fuste con la sua sola galea, seguito, solo a distanza, da un’altra galea e da 2 brigantini: esce all’improvviso dal canale di Piombino il  Gaddali con il resto della sua flottiglia (10 fuste). Paolo Vettori, ferito, viene catturato con la sua ammiraglia; solo 7 marinai sfuggono alla cattura. E’ condotto prigioniero dal Gaddali prima a Biserta, dove è curato delle sue numerose ferite, e poi a Tunisi.

Viene riscattato da alcuni mercanti veneziani che pagano per la sua liberazione la taglia di 6000 ducati, venti volte più del normale. I mercanti lo consegnano all’ammiraglio della Serenissima, Piero Michiel, alla fonda nel porto di Tunisi, con il pretesto di rendergli onore, in realtà per garantirsi del denaro versato. Paolo Vettori sarà condotto da Piero Michiel a Venezia. Interviene il papa Leone X che riconosce ai veneziani l’ammontare del riscatto attingendo ai suoi beni personali. Il pontefice riconferma a Paolo Vettori la sua fiducia.

E’ inviato con 3 galeoni e 750 fanti in soccorso di Rodi (Rodhos), sede dei cavalieri dell’ordine gerosolomitano, assediata dai turchi. Lascia Civitavecchia; suo luogotenente è Battista Nibbio. Si trattiene nelle acque greche per tutta l’estate: ha alcuni scontri con le navi di Curtogoli.

Viene congedato dal Gran Maestro dell’ordine fra Fabrizio del Carretto. Gli è donata una collana d’oro del valore di 1000 scudi. Riprende il servizio di pattugliamento del Tirreno.

Esce da Civitavecchia per affiancare gli imperiali alla conquista di Genova ai danni del doge Ottaviano Fregoso.

Con il fallimento delle operazioni, ai primi del mese, rientra a Civitavecchia. Viene catturato da Bernardino d’Ornesan un galeone di Messina che trasporta merci di sua proprietà.

Alla morte di Leone X il collegio dei cardinali lo riconferma nel capitanato della flotta pontificia. Salpa da Civitavecchia con 4 galee ed un brigantino per accompagnare i cardinali Cesarini e Colonna diretti in Spagna incontro al nuovo papa Adriano VI. Naviga verso Barcellona.

Raggiunge Tolosa (Toulouse) con la sua flotta dopo una sosta a Tarragona.

Riprende il mare con il pontefice Adriano VI e vari ambasciatori accreditati presso la Santa Sede; alle sue navi si congiungono 4 galee spagnole comandate da Giovanni di Velasco. Costeggia i lidi catalani e francesi; si ferma a Villafranca (Villefranche) ed a Monaco; prosegue lungo le riviere di Santo Stefano, Porto Maurizio, Noli, Savona, Genova, Portofino, Portovenere, Livorno e Porto Ercole, fermandosi in vari approdi e cale per trascorrervi la notte; a fine mese perviene a Civitavecchia. Sempre durante il tragitto interviene con la sua squadra a favore di un legno mercantile in navigazione verso Genova e lo libera dagli assalti portati contro da alcune fuste corsare.

Esce da Civitavecchia per andare incontro alla galea, che sta trasportando in Italia il gran maestro dell’orine gerosolomitano fra Philippe Villiers de L’Isle-Adam, costretto ad abbandonare Rodi dopo la conquista dell’isola da parte degli ottomani.

Incrocia tra il Circeo e l’isola di Ponza. Va incontro ai cavalieri di Rodi del Gran Maestro Philippe de Villers costretti ad abbandonare Rodi ai turchi. Li scorta a Civitavecchia.

E’ riconfermato dal papa Adriano VI nel comando della flotta (2 galee e 2 brigantini); è pure eletto castellano di Civitavecchia. Prende a prestito del denaro per conto dei pontifici. Gode di una provvigione annua di 8000 ducati.

Ha l’incarico dal viceré di Napoli Carlo di Lannoy di trattare la pace tra francesi ed imperiali. A Roma.

Salpa da Civitavecchia con le sue navi e 3 galee dei cavalieri dell’ordine gerosolomitano guidate da Claudio Gruel, da Fernando de Matta e da Bernardino Airasca per dare la caccia a Sinan che con 34 legni, tra fuste e galeotte, sta infestando le coste tirenniche. Presso l’isola di Giannutri si impadronisce di 2 fuste lasciatevi dall’avversario: 200 cristiani sono liberati dal remo per essere sostituiti da quasi altrettanti turchi e mori fatti prigionieri. Altre 2 galeotte vengono catturate dai cavalieri di Malta. Le navi conquistate da Paolo Vettori sono condotte a Civitavecchia: il capitano pontificio vi viene accolto con grandi feste e suoni di campane. I prigionieri sono rapati a zero, vengono rinchiusi nelle prigioni della darsena in attesa del loro turno come forzati della guardia (le galee addette alla sorveglianza del litorale).

A La Spezia. Guida la flotta pontificia che conduce in Spagna il cardinale Giovanni Salviati, legato pontificio.

Viene nominato dal pontefice Clemente VII suo ambasciatore in Francia ed in Inghilterra.

Si appresta a partire per la Francia; a Firenze si ammala di peste e muore. E’ sepolto nella chiesa di San Giacomo Sopra Arno.